Oi Marcos, então como eu disse eu a tranformo em um List antes. Infelizmente ela perde a funcionalidade do filtro antes de consultar o banco, mas você ganha na hora de fazer todos os if´s, quando são poucos como nesse caso até concordo em fazer id == 1 || id == 2, mas caso seja 10 - 20 por exemplo. Fica um pouco mais complicado. Veja como eu ficaria:
List<int> ids = new List<int>(){1, 2};var varEmployee = from emin ef.Employee.ToList()
where ids.Contains(em.EmployeeID)
selectnew
{
ID = em.EmployeeID,
SalesPerson = em.SalesPerson
};